25 sierpnia 1915 roku generalnym gubernatorem okupowanych na wskroś Niemców terenów Kongresówki został generał Hans Hartwig von Beseler, którego ojca, profesora prawa, Czapski znał nadal z lat studenckich. Beseler nie był niechętny polskim dążeniom niepodległościowym[potrzebne źródło], atoli widział przyszłość Polski (oczywiście Polski bez Poznańskiego, Śląska również dostępu do morza, niemniej jednak albo z Wilnem[potrzebne źródło] również poniekąd przypuszczalnie z Mińskiem Litewskim), zaledwie wewnątrz ścisłym sojuszu z Cesarstwem Niemieckim także wobec berłem któregoś z książąt niemieckich. Rzeczywistym doraźnym celem Niemców było jako najszybsze kreacja polskiej armii z rekruta z Kongresówki, która odciążyłaby siły niemieckie na froncie zachodnim. W administracji Beselera Czapski został na dyrektywa cesarza głównym doradcą generała w środku sprawach polskich. Od początku tej działalności usiłował wyrzygać uwagę gubernatora na nieodzowność powołania miejscowych Polaków na stanowiska szefów guberni również powiatów, jednak na próżno - stanowiska te obsadzono Niemcami również wcięcie ten trwał mało co do zakończenia wojny.
2 listopada 1915 Beseler powołał Czapskiego na urząd kuratora Uniwersytetu plus Politechniki Warszawskiej. Obie uczelnie, z rosyjskim językiem wykładowym, zostały zamknięte na wskroś władze carskie na początku wojny, dzisiaj miały się odrodzić jak polskie szkoły wyższe. Po dwóch miesiącach działalności kuratorskiej Czapskiemu udało się w środku ścisłej współpracy z rektorami UW Józefem Brudzińskim również Politechniki, Zygmuntem Straszewiczem darować znak do rozpoczęcia pracy na obu uczelniach. W tym samym roku hrabia otrzymał pieczę na pozostawionymi wskroś Rosjan archiwami Królestwa Kongresowego. Urzędnicy rosyjscy z prowincji uciekli łącznie z armią, raptem stołeczne Archiwum Główne Akt Dawnych miało nadal zanikający personel, przede wszystkim Polaków. We współpracy ze światlejszymi pruskimi również po trosze austriackimi archiwistami Czapskiemu udało się ocalić polskie archiwa poprzednio zakusami Berlina, który chciał zagrodzić wszystkie dokumenty dotyczące rządów pruskich w środku Polsce po III rozbiorze. Do zasług hrabiego wypada podobnie uzyskanie zezwolenia władz na pierwszą po 1830 roku demonstrację patriotyczną do wnętrza dniu 3 maja 1916, w środku której wzięły współpraca olbrzymie tłumy mieszkańców Warszawy. Po razu jednego naczelny od momentu r.1831 do wnętrza stolicy pojawiły się biało-amarantowe polskie flagi narodowe.